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近亲结婚，后代的死亡率高，并常出现痴呆，畸形儿和遗传病患者。这是由于近亲结婚的夫妇，从共同祖先获得了较多的相同基因，容易使对生存不利的隐性有害基因在后代中相遇(即纯合)，因而容易出生素质低劣的孩子。
据世界卫生组织估计，人群中每个人约携带 5 ～ 6 种隐性遗传病的致病基因。在随机婚配(非近亲婚配)时，由于夫妇两人无血缘关系，相同的基因很少，他们所携带的隐性致病基因不同，因而不易形成隐性致病基因的纯合体(患者)。
而在近亲结婚时，夫妇两人携带相同的隐性致病基因的可能性很大，容易在子代相遇，而使后代遗传病的发病率升高。下表列举了几种隐性遗传病，表明近亲结婚后代的发病率是非近亲婚配后代发病率的数倍。
如果在一级表亲和二级表亲之间有一级隔代表亲和一级隔山表亲通婚，则近亲指数就是1/32 ＝ 0.03125，其他类型依次类推。
假设一种遗传病在人群中的比例是1/1000: 非近亲通婚的后代患病风险为1/500 × 1/500 × 1/4 = 1/1000000(百万分之一); 二级表亲通婚后代患病风险为1/500 × 1/64 × 1/4 = 1/128000 一级表亲通婚后代患病风险为1/500 × 1/16 × 1/4 = 1/32000 兄妹通婚的后代患病风险为1/500 × 1/4 × 1/4 = 1/8000 与非近亲结婚相比，二级近亲的风险增大7.8倍;一级近亲的风险增大31倍;兄妹通婚的风险率则是正常随机婚配的125倍! 如果按照专家的提示，每个人可能携带有几个甚至10几个隐性的有害基因的话，近亲通婚后代患病的风险还会更高。
比如糖原储积症这一常染色体隐性遗传病，它的可能类型很多，其基因由17个以上的外显子构成，不同外显子发生突变的人结婚后代不会产生异常，而两个完全相同的外显子的配对，通常是产生于近亲通婚。
有人说不同民族之间通婚会增加癌症的发病率，这是完全没有科学根据的。现代人类没有生殖隔离，也没有种之分，白人，黑人和黄种人都是血缘关系十分相近的同种。
用谁都能看得懂的例子来说，一个黑人和一个白人之间的分子上的差异，可能比一个北京人和一个上海人之间的遗传差异还小。
这就是遗传学上所定义的族内个体之间的差异可能大于族间个体的差异。
