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丽水出入境检验检疫局前身为丽水进出口商品检验局，建于1994年8月12日。1999年，根据国务院机构改革方案，原国家进出口商品检验局、国家动植物检疫局、国家卫生检疫局;三检;职能合一，组建新的出入境检验检疫局，中华人民共和国丽水出入境检验检疫局，于1999年12月1日正式挂牌。丽水出入境检验检疫局是负责丽水市出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验的行政执法单位，是浙江出入境检验检疫局设在丽水的直属机构，实行垂直管理体制 。丽水出入境检验检疫局内设办公室、法制与综合业务处、财务处、检验检疫一处、检验检疫二处、检务处等6个处室，并设有综合技术服务中心、浙江国际旅行卫生保健中心丽水分中心。办公室负责协调机关日常各项工作；负责许可证考核、产品和体系认证及综合业务、政策法规等工作。财务处负责财务会计、基本建设、国有资产、专项资金和设备的采购和管理等工作。检验检疫一处主要负责出入境动植物及其产品、进出口食品的检验检疫工作
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