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上海海事大学物流工程学院（Logistics Engineering College of SMU）成立于2003年，前身是创建于1958年8月的大连海运学院港口装卸组织及机械化专业，1962年整体调至上海海运学院。先后经历“港口机械系”、“起重运输机械系”、“机械系”、“机械工程系”时期，1997年成立工学院，2003年，工学院分拆，成立物流工程学院。
上海海事大学拥有完备的物流学科体系，连续三届当选教育部高校物流类专业教学指导委员会主任委员单位，并凭借物流管理学科的影响力和话语权入选教育部“六卓越一拔尖”计划建设工作组副组长单位。
学院现由机械工程系、工业工程系、电气自动化系和机械工程设计研究所、电力传动与控制研究所、港口集装箱技术发展研究所组成。物流工程学院现拥有1个博士后流动站，1个一级学科博士点，3个一级学科硕士点，3个工程硕士专业学位点，9个本科专业。学院机械设计制造及其自动化为国家特色专业，港口机械电子工程为上海市重点学科，港航电力传动与控制工程为上海市教委重点学科。
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