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1997年7月，塞尔维亚总统米洛舍维奇因任期到期无法连任，于是转而竞选南斯拉夫联盟共和国总统。米洛舍维奇成功当选后实行的政策是全体塞尔维亚人生活在一个统一的国家，即在那些独立的国家中，塞族人要有民族自决权。
这一政策导致民族混居的地区产生冲突，被反对者批评为大塞尔维亚主义。克罗地亚和波黑的塞族人则受到鼓舞，意图通过武力手段要求建立塞族自治区，从而引发克罗地亚战争和波黑战争。一时间，有着欧洲火药桶之称的巴尔干半岛再一次被点燃了。
1991年6月，克罗地亚宣布独立后，境内塞尔维亚族三大区也先后宣布独立，并于当年12月成立了塞尔维亚克拉伊纳共和国，土地面积约占克罗地亚国土面积的三分之一，这对年轻的克罗地亚共和国来说无疑是一个严峻挑战。
一开始，克罗地亚军队攻势凶猛，塞族军队难以招架。1991年9月中旬，南斯拉夫军队为了保护塞族自治区，增援部队陆续进入克罗地亚境内，双方交火不断。一直到1995年8月，克罗地亚实行风暴行动，终于使克罗地亚战争进入了尾声。
战斗打响的当天，克罗地亚军队遭遇，塞族军队顽强抵抗，伤亡惨重，但克军很快突破塞族后勤供应线，塞族军队全线溃退，最终克罗地亚获胜，并重新控制了大部分被塞族占领的领土。同样是解体后民族问题的战争，几乎同时期的波黑战争却更加混乱和残酷。
波黑是前南斯拉夫联邦的六个共和国之一，位于南联邦的中部，面积5.1万多平方公里，人口436万。波黑是一个信奉不同宗教的、不同民族混居的共和国，信奉东正教的塞尔维亚族占总人口的32%，信奉天主教的克罗地亚族占18.4%，最大的人口集团是信奉伊斯兰教的穆斯林族，占总人口的39.5%。长期以来，这三大民族充满矛盾积怨甚深。
南斯拉夫解体之后，波黑的穆斯林族和克罗地亚族一心想从联邦国家中独立出去，对此塞族人坚决反对，塞族主张建立松散的联邦制国家，并要求自己有权和塞尔维亚共和国结为联邦。1992年3月3，波黑共和国的穆斯林族和克罗地亚族的议员在塞族议员反对的情况下，宣布波黑独立。
这国家一独立就涉及到了分家产的问题，克族和穆族想分地盘自治甚至独立，而塞族想一个人做老大，于是就打了起来。3月下旬，波黑穆斯林武装与塞族的后盾南斯拉夫人民军展开了激战。正当战火在波黑境内蔓延之际，欧共体国家和美国于4月6号和7号，宣布承认波黑共和国为独立主权国家。
这无疑是给波黑局势火上浇油，使波黑内战骤然升级之后，波黑境内的五个塞族自治区随即宣布成立波黑塞尔维亚共和国，脱离波黑独立，以独立对独立大有鱼死网破之势。一开始克族和穆族联合起来打塞族，按道理他们三方也折腾不出大动静，打几个月粮草耗尽，也就不得不坐下来谈判。
但是塞族有国外的支持，比如塞尔维亚和黑山，于是二打一很快变成了一打二，而且大有打不过的架势，因为不久之后再足就占了全波黑70%的土地。看着克族在波黑被人虐，已经独立出去的克罗地亚不能坐视不管吧，于是派兵到波黑帮忙。一夜之间，波黑数10万人拿起武器混战在这块土地上，邻里街坊兵器相见，和睦家庭夫妻反目、家破人亡。
波黑人自己也不曾料到，他们中的许多人会离开祖祖辈辈繁衍生息的家园，流落异乡他国。一开始，战火从波黑首都萨拉热窝燃起，接着向东部、北部、东北部、西部、西南部地区蔓延开来。不到三个月，战火就遍及了波黑85%的地区。交战双方在波黑大大小小几十个战场上展开了一场争夺控制区的激烈而残酷的大混战。
1992年6月，各方兵力总计达50万。在城池争夺战中，萨拉热窝的争夺最激烈、持续时间最长，战斗最为残酷，人员物资损失也最为惨重，炮弹、子弹像雨点般射向室内的每个角落，萨拉热窝淹没在浓浓的硝烟和火海中。
塞族由于得到南斯拉夫联盟共和国的支持，加之前参战部队中有4万是前南人民军，1992年5月撤离时留下的波黑及塞族官兵，装备有坦克、大炮、飞机等重武器，所以塞族在军事上占有明显优势，最终塞族以有利的地形、更加精良的武器优势兵力，控制了进出萨拉热窝要道和萨拉热窝机场，从此萨拉热窝便处于塞族武装力量的围困之中。为打破塞族的围困，穆斯林发动了无数次的反围攻势，企图重新控制该市。为结束围困，国际社会也做出了不少的努力。
在三方中艰苦的调节，讽刺的是，调节的主角正是那些为波黑内战推波助澜的西方国家，但最终国际社会的斡旋没有起到任何作用。1992年，在塞族武装节节胜利下，穆斯林和克罗地亚两族互相埋怨，穆克两族的联盟关系破裂，双方交战的战场瞬间变成了第三方混战。在这段混战的日子里，发生了影响恶劣的斯雷布雷尼察大屠杀。塞族人到斯雷布雷尼察这个穆斯林聚集区，把里面的男性穆斯林赶尽杀绝了，妇女儿童也受尽了凌辱。
1993年5月6日，萨拉热窝已经被围困长达一年了。这一天，联合国安理会在波黑建立萨拉热窝、比哈奇等六个安全区，联合国维和部队进入萨拉热窝，那些处于围城中的居民缺水、缺粮、缺医少药。现在靠着联合国部队运来的人道主义救援物资才能够勉强度日。
这座饱经战火的历史名城早已经失去了历史的光泽，市内80%的建筑物被毁，名胜古迹弹痕累累，成了残垣断壁，昔日的公园和校园的空地成了埋葬死难者的墓地。萨拉热窝的一切还仅仅是波黑内战的缩影而已，战争的残酷远比这个城市所遭受的伤痛来得更为惨烈。
1994年2月5日，在波黑首府萨拉热窝，一颗炮弹在市中心菜市场的人群中爆炸，许多人当场被炸得身首分离、血肉横飞，68人被炸死200多人受伤。惨案发生后，波黑穆斯林族和塞族领导人都互相指责对方屠杀无辜平民。这一事件后，联合国安理会正式授权以美国为首的北约开始空袭，同时克罗地亚族和穆斯林族再度结成同盟。94年3月，波黑战场由三方混战重新回到了两军对垒的状态。4月10号，北约开始轰炸塞族阵地，打开了持续一年来的空中打击的序幕。
北约的目的十分明确，削减塞族的军事力量，让交战双方转移到谈判桌上来。交战双方处于焦灼状态之时，为了迫使塞苏接受西方提出的谈判条件，北约制定了一个绝密的空中打击计划。1995年8月30日凌晨，北约以萨拉热窝遭炮击为由，出动3400余架飞机对波黑塞族阵地实施空中突击，并发射十三枚战斧式巡航导弹。两周后，波黑塞族的指挥控制通信系统完全陷入瘫痪，塞军近百分之四十的炸药库被摧毁，塞族领导人被迫回到谈判桌。
1995年11月21日，在美国俄亥俄州代顿市的一个空军基地，南联盟塞尔维亚、波黑、克罗地亚三国总统达成波黑和平框架协议，持续了3年零9个月的波黑内战结束。波黑战争造成了27.8万人死亡，200多万人沦为难民。战火虽然被扑灭了，但是由于民族矛盾尖锐复杂，协议也存在缺陷，和平还很脆弱。可以说时至今日，波黑地区仍然处于紧张状态。
