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口袋妖怪最好玩的版本是：《口袋妖怪守护者2：融合》、《口袋妖怪漆黑的魅影》。
《口袋妖怪守护者2：融合》是由任天堂发行的一款角色扮演类游戏。其玩法与正统不同，会给你不一样的体验。这款游戏的故事发生在阿尔米亚地区，继承了前作《口袋妖怪守护者》的世界观，剧情围绕口袋妖怪世界中一个不同于训练家的职业展开。
游戏中，守护者们利用陀螺来捕获野生口袋妖怪，与它们心意相通，以平息它们的怒火，或借助它们力量清除障碍保护世界，守护者们坚守保护大自然的职责，除了少数自愿跟随的搭档精灵以外，捕获的野生口袋妖怪完成其使命后就会自动放生。
《口袋妖怪漆黑的魅影》系列是任天堂推出的一款GameBoy游戏，有多种Hack版本，《口袋妖怪漆黑的魅影》是成功移植到到PC上的小游戏。
这个版本的最大亮点在于剧情与美工方面，剧情方面的亮点在于创意，极大提高了游戏的可玩性，美工方面效仿国外的改版以及DS的官方版本，替换了大量素材，相较于原版绿宝石有极大进步。
