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由于变法的失败，中国失去了一批倾向在原有体制内下实行改革的精英和支持者；代之而起的是主张激烈变革，推翻原有制度和政府的革命者，最后造成了清朝的覆亡，中国两千年的帝制亦画上句号。除此以外，朝廷中本来较为开明有为的360问答大臣在政变后有些被贬，其他亦多让被排挤到中央以外；间接亦造成了之后发生的义和团运动。
戊戌变法虽然失败了，但却产生了重大而深远的影响。它掀起了近代中国第一个思想解放的潮流，对中国人民的觉醒和进步起到了显著的作用。它以中国民族资产阶级初次登上政治舞台为特征，成为中国资产阶级领导的民主革命的前奏。
使越来越多的人对清朝统治者感到失望。他们认为，要救中国，必须进行革命，推翻清朝统治，仿效西方国家建立民主共和制度。
