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尿道疼痛主要的原因是急性的泌尿系感染，泌尿系感染主要是因为细菌从尿道口进入到尿道、膀胱等部位，而形成的相应的黏膜损伤，造成尿频、尿急、尿痛，甚至是血尿、发热、寒战等症状。在排尿时因为尿道黏膜的损伤，尿液经过时就会产生明显的尿痛等不适。
这种情况多数是因为大肠埃希菌、变形杆菌、链球菌等等造成的局部的感染，可以使用广谱的抗生素，包括头孢二代、三代以及喹诺酮类等药物进行对症处理。
另外，还有一部分是泌尿系结石或者是肿瘤引起来的尿道疼痛，可能同时会合并有腰部胀痛、肉眼血尿等等不适，可以通过B超等检测进一步明确。
